Clark luta contra o destino que seu pai biológico, Jor-El, reserva para ele, e se culpa pelo preço que Jonathan pagou para trazê-lo de volta a Smallville. Lex passa a lidar com o trauma psicológico que teve quando ficou naufragado em uma ilha deserta. O relacionamento entre Clark e Lana chega a um beco sem saída.
22 episódios
Canal original: WB
Exibida desde: 1 de outubro de 2003
A 3ª temporada termina de maneira épica, graças a boa atuação do elenco, principalmente pelos personagens da Cloe e Lex. A parte chata é o romance de Clark e Lana, mas é aceitável já que eles são adolescentes.
