Após um período afastado, o agente especial G. Callen (Chris O'Donnell) retorna à equipe do Escritório de Projetos Especiais junto ao seu parceiro Sam Hanna (LL Cool J), que havia sido baleado no trabalho alguns meses antes. Nessa divisão da NCIS - Serviço Naval de Investigação Criminal - de Los Angeles, os dois passam a investigar crimes que ameaçam a segurança nacional.