O Escritório de Projetos Especiais é uma divisão da NCIS (Serviço Naval de Investigação Criminal) que tem por objetivo resolver os crimes que mais ameaçam a segurança nacional. Os Agentes Aspeciais Callen (Chris O'Donnell) e Hanna (LL Cool J) são os encarregados de conduzir as investigações. Para isso, eles assumem identidades falsas e contam com o apoio da tecnologia avançada do departamento e da sua colega de trabalho Henrietta "Henry" Lange (Linda Hunt), que providencia todos os disfarces e equipamentos necessários. Juntos, eles irão fazer o que for preciso para desvendar quem são os criminosos que mais põem o país em risco.