Para manter seu posto de Imperador, Kuzco é obrigado a se matricular na escola do reino e, assim, concluir seus estudos. Se ele repetir numa matéria sequer, ele perde o direito ao trono, e sua ex-conselheira Yzma toma o poder. Com a ajuda de Pacha e sua família, Kuzco precisa viver sem os recursos de palácio até conseguir se formar. Mas Yzma e seu capanga Kronk vão fazer de tudo para que o jovem fracasse.