No passado distante, um samurai japonês embarca em uma missão para derrotar Aku, um mago do mal que muda de forma. Antes de completar a sua tarefa, ele é catapultado a milhares de anos no futuro, e agora se encontra em um mundo em que Aku completou a sua tarefa e agora tem o completo poder sobre tudo. Agora, o samurai Jack tem uma nova missão: consertar os erros cometidos pelo seu inimigo, e encontrar uma forma de voltar para o seu próprio tempo e destruir o mal em favor do bem.