Os habitantes do planeta Thundera evacuam o lugar pouco antes de ele ser destruído. Estavam sendo perseguidos por um bando de mutantes. Porém, todas as naves que escaparam foram destruídas: exceto uma. Somente um pequeno grupo de ThunderCats sobrou vivo. Com pouca energia, a nave, comandada por Jaga, pousou no planeta mais próximo. Eles precisam defender o Olho Místico de Thundera, a fonte do poder dos ThunderCats, dos Mutantes, que querem destruí-la.