Os mutantes da Marvel são pessoas dotadas de poderes e habilidades incríveis que o restante da sociedade não compreende e por isso os teme. Quando o gene X se manifesta na puberdade, alguns deles encontram refúgio e aprendizado na Escola Xavier para Jovens Superdotados, onde o Professor X é o mentor de um grupo de heróis que nomeou de X-Men. Em equipe, eles precisam lidar com as diferenças entre eles e proteger um mundo que os odeia e persegue. A série traz a formação clássica dos X-Men durante os anos 90 e também versões animadas para os principais arcos do universo mutante nos quadrinhos, conhecidas por retratar questões sociais.