O até então desconhecido propósito do Nono Chevron é revelado, e acaba levando uma equipe à antiga nave "Destiny", construída há millhões de anos para colonizar galáxias distantes. Liderados por Dr. Nicolas Rush e pelo Coronel Everett Young, eles estão presos na nave, incapazes de modificar a missão programada. O time encontra novas raças, nova tecnologia, e novos inimigos, à medida que a nave viaja até o fim do Universo.