Na primeira temporada, o time tem vários encontros com um homem chamado David Robert Jones. Na segunda temporada, surge um inimigo chamado Thomas Jerome Newton. David Robert Jones é o nome verdadeiro do ator e cantor David Bowie, e Thomas Jerome Newton é o nome de seu personagem no filme "O Homem que Caiu na Terra (1976)"
As imagens que aparecem antes e depois de cada intervalo comercial têm um significado especial. Cada uma delas representa uma letra diferente do alfabeto, e no final do episódio formam uma palavra que faz referência à história. O dicionário foi desvendado por um fã da série que estuda criptografia. A dica para desvendá-lo é dada por Astrid em um dos episódios da 1ª temporada.
Quando começaram a escrever a Olivia do Universo Alternativo, os roteiristas se referiam a ela como "Bolivia" - por considerarem a Olivia original do Lado A, sendo sua alternativa do Lado B. Porém, o nome não fez sucesso entre os fãs, que logo começaram a chamá-la de Fauxlivia (Faux, do francês Falso). O termo então começa a usado na série por Walter (John Noble).
Jasika Nicole disse várias vezes, em entrevistas, que a sua personagem do Universo Alternativo, Astrid, tem espectros de autismo (ou tem Síndrome de Asperger com alta-funcionalidade). A inspiração da atriz para desenvolver a personagem veio de seu próprio irmão, que também é autista.
Além da TV, a série tem continuidade nos Quadrinhos e em livros. Após o fim da última temporada, foi lançado o livro "September's Notebook", com segredos de produção e explicações para o roteiro. Em seguida, foram lançados três livros que contam mais partes da história: "The Zodiac Paradox" (O Paradoxo do Zodíaco), "The Burning Man" (O Homem em Chamas) e "Sins of the Father" (Pecados do Pai).
Além de serem da mesma produtora - Bad Robot - e serem ambas de JJ Abrams, há várias referências a Lost em Fringe. Além de um bilhete aéreo da companhia Oceanic que aparece em um dos episódios da primeira temporada, vários atores como Jorge Garcia, Rebecca Mader (que sempre se declarou fã de Fringe) e Henry Ian Cusick fizeram participação especial na série.