Muitos anos após p fim da série Star Trek, a equipe aparece novamente nesta versão animada. Ela dá continuidade às aventuras da série original e está no ano 4 da missão de cinco anos. Com a vantagem dos efeitos especiais ilimitados da animação, a série agora se utiliza de paisagens mais elaboradas, efeitos mais avassaladores e alienígenas mais detalhados e intrigantes.