Em Javi e o Clube da Árvore acompanhamos Javi, um garoto de 6 anos que acaba de se mudar para uma nova casa com sua família. Na casa há um jardim, e nele há uma árvore cheia de animais diferentes que moram dentro dela. Depois de se conhecerem, Javi e os animais se tornam amigos, e todas as noites a turma se reúne para contar histórias e aprender sobre diversos assuntos curiosos, como os mecanismos de defesa dos animais, a importância da higiene, hipnose, ecolocalização, camuflagem e como as aranhas tecem suas teias.