Digimon 2 acompanha os acontecimentos que ocorreram três anos depois do final de Digimon Adventure. O Digital World enfrenta uma nova ameaça, um imperador cruel que deseja dominar todo o planeta e controlar os monstrinhos digitais. Seu plano maléfico impede as evoluções dos digimons, por isso três novos escolhidos, ao lado de T.K. e Kari, precisam combater o novo perigo e salvar o mundo.