Em Monster Development Department, conhecemos a rotina de uma organização maligna chamada Agastia, que trabalha no desenvolvimento de ameaças diárias para o planeta. Dentro do departamento de criação de monstruosidades, a jovem pesquisadora Touka Kuroizu faz o seu melhor para conseguir apresentar os mais incríveis e poderosos monstros todos os dias. No entanto, Kuroizu precisa encarar as dificuldades de um escritório normal diariamente, como demandas absurdas, pedidos feitos de última hora e prazos apertados. Mas, além da rotina do trabalho cada vez mais complicada, Kuroizu percebe que sua chefe não está apta para fazer escolhas quando o assunto são monstros. Por conta disso, ela sente que seu inimigo não são mais os heróis sentai, populares defensores da justiça, e sim sua emperadora, uma verdadeira criança com muita responsabilidade nas mãos e ideias questionáveis na cabeça.