Operação Pacífico acompanha Amalia Ortega (Majida Issa), uma brilhante agente federal conduzindo uma investigação secreta pela Unidade de Polícia Nacional com a missão de capturar El Guapo, um poderoso chefão do tráfico de drogas e líder do cartel na fronteira com o México. Para cumprir esse objetivo, Amalia coloca a si mesma e sua família em risco enfrentando o time de Guapo.