Baseada em fatos reais e livremente inspirada no livro "Holocausto Brasileiro", de Daniela Arbex, Colônia conta a história do hospital psiquiátrico Colônia, fundado na cidade mineira de Barbacena e palco de um verdadeiro genocídio. A jovem Elisa (Marques) está entre os pacientes do hospício no início dos anos 70. Grávida de quatro meses do namorado, ela chegou lá enviada pelo próprio pai, que ficou enfurecido ao descobrir que a filha havia arruinado seus planos de casá-la com um rico fazendeiro. Durante sua estadia, Elisa logo se depara com a verdadeira loucura presente no local: milhares de pessoas são injustamente internadas – entre elas mulheres grávidas, homossexuais, prostitutas e figuras inconvenientes para a sociedade da época –, sofrendo maus-tratos e, inclusive, tortura. Assim como tantos outros, Elisa precisa agora lidar com uma teia infinita de aflição e agressões.
