A trama retoma imediatamente após os eventos da primeira temporada, com Owen Hendricks (Noah Centineo) enfrentando as consequências de suas ações e lidando com as repercussões de sua exposição pública. Agora, ele se vê em uma posição vulnerável, sendo alvo de ameaças de diversas partes interessadas em silenciá-lo. Para proteger a si mesmo e à agência, Owen deve navegar por um complexo jogo de intrigas internacionais, onde aliados podem se revelar inimigos e a confiança é um luxo perigoso. A temporada explora temas de lealdade, redenção e as sombras do mundo da espionagem, aprofundando o desenvolvimento dos personagens principais e apresentando novos desafios que testam os limites de Owen e de seus colegas.