Manhãs de Setembro conta a história de Cassandra (Liniker), uma mulher trans que trabalha como motogirl em São Paulo e que tem na música sua maior força. Ela precisou abandonar sua cidade para realizar seu sonho de se tornar cover de Vanusa, cantora brasileira que fez sucesso na década de 70. Após anos de muito sofrimento, Cassandra vive agora um momento de estabilidade: ela consegue alugar um apartamento só seu e descobre o amor na figura de Ivaldo (Thomas Aquino). Contudo, tudo se complica quando sua ex-namorada, Leide (Karine Telles), reaparece com um menino que diz ser seu filho.