Em Doctor Prisoner, Na Yi-je é um médico habilidoso e querido que trabalha na emergência de um hospital universitário. O jovem trata seus pacientes sem discriminação e com a maior atenção que consegue, mas tudo muda quando ele é acusado de negligência pelo conselho da instituição. Agora, sem perspectiva de conseguir trabalho, ele decide arriscar exercer a profissão em uma prisão. Contudo, ele percebe que dessa forma terá contato com todo tipo de profissional do crime, fazendo com que seja tentador planejar uma vingança contra o hospital que suspendeu sua licença médica. Para fazer justiça com as próprias mãos ele irá tentar se livrar do atual diretor da prisão e tomar o lugar para ele.