Na segunda temporada, a luta da CIA contra o terrorismo se intensifica e chega mais perto do território americano. Joe (Zoe Saldaña), Kaitlyn (Nicole Kidman) e Byron (Morgan Freeman) recrutam uma nova agente para o programa Lioness, com a missão de infiltrar-se em uma ameaça até então desconhecida. Com o aumento da pressão por todos os lados, Joe enfrenta os sacrifícios pessoais que fez ao liderar a operação. Ela é desafiada a equilibrar sua vida pessoal e profissional, enquanto busca proteger o país de um novo perigo iminente.