Deutschland 89 é centrada nas experiências do agente secreto Martin Rauch (Jonas Nay), que enfrenta agora as consequências da queda do Muro de Berlim. Com o colapso da Alemanha Oriental, o futuro de Martin, que trabalhava no setor de segurança nacional do governo, se torna completamente incerto. Ele tenta se adaptar à nova ordem e traçar um caminho para si mesmo. Mas sair dessa encruzilhada pessoal e profissional se revela uma tarefa muito difícil. Afinal, quando se é espião, existem apenas três opções: a morte, o tribunal ou o retorno ao serviço secreto.