Deutschland 86 começa três anos depois dos eventos narrados na série "Deutschland 83". Abandonados por Moscou, os líderes da Alemanha Oriental enfrentam agora uma grave crise econômica. Desesperado por dinheiro, o governo decide enviar agentes secretos a diferentes países para realizar experiências com o capitalismo mundial e, assim, evitar que seu regime socialista afunde. Diante dessa situação, o espião Martin Rauch (Jonas Nay), que estava exilado na África por causa de seus pecados, é chamado de volta ao dever. Mercados negros e uma missão perigosa o levam à África do Sul, Angola, Líbia, Paris, Berlim Ocidental e, finalmente, Berlim Oriental. Ao chegar na capital do setor soviético, Martin precisa tomar uma decisão quase impossível.