Em Nos Tempos do Imperador, trinta anos após a independência do Brasil ser proclamada, Dom Pedro II (Selton Melo) tenta ampliar o progresso no país, investindo na educação. Ele e Teresa Cristina (Letícia Sabatella) vivem uma relação harmoniosa, apesar do imperador não ser apaixonado pela esposa. O casal teve quatro filhos: Isabel (Giulia Gayoso) e Leopoldina (Bruna Griphao), além de Afonso Pedro e Pedro Afonso, estes dois falecidos ainda na primeira infância. Dom Pedro II conhece os jovens Pilar (Gabriela Medvedovski), uma jovem que sonha em se tornar médica, e Jorge/Samuel (Michel Gomes), um ex-escravo que luta pela abolição da escravatura, e decide ajudá-los em seus objetivos. Dom Pedro também esconde um amor impossível por Luísa (Mariana Ximenes), Condessa de Barral, esposa de seu primo Eugênio (Thierry Tremouroux). Os dois acabam vivendo um romance proibido, mas tudo é colocado em risco quando Tonico (Alexandre Nero), um rico fazendeiro, descobre tudo.