O Sabor das Margaridas acompanha Rosa Vargas (María Mera), uma policial novata da Guarda Civil Espanhola que chega à pequena cidade de Murias, no interior da Galiza, para assumir seu primeiro caso. Ela deve investigar o misterioso desaparecimento de uma jovem chamada Marta Labrada. Mas seu trabalho é prejudicado pela vinda do Papa ao povoado, o que mobiliza todas as autoridades locais. O policial Mauro (Toni Salgado) lhe explica que nada acontece na aldeia e que a garota só saiu sem deixar endereço. Embora tudo aponte para isso, Rosa vai além e descobre um segredo sombrio que cerca a cidadezinha de Murias, além de uma série de crimes que permaneceram enterrados por anos. Determinada a solucionar o caso, Rosa acaba encontrando pistas que sugerem a presença de um perigoso serial killer na área.