Blade Runner: Black Lotus se passa entre Black Out 2022 e 2036 Nexus Dawn. A trama acompanha Ellie, uma réplica que acorda desorientada, sem memória algum sobre quem é, na traseira de um carro e descobre em seu corpo uma tatuagem no formato de uma lótus negra. Ela encontra no meio de suas coisas um aparelho estranho contendo informações que ela não entende. Enquanto vaga por Los Angeles, Ellie é atacada por uma gangue e acaba recordando seu nome e onde vive. Aos poucos, ela consegue juntar os pedaços desse quebra-cabeça para desobrir quem é e qual o seu propósito.