Baseada no mangá de mesmo nome escrito e ilustrado por Akimi Yoshida, Banana Fish começa em 1973 durante a Guerra do Vietnã. Em um frenesi, o soldado americano Griffin Callenreese atira em membros do seu próprio esquadrão. Aparentemente em colapso suas últimas palavras naquele dia foram “Banana Fish”. 12 anos depois, em Nova York, ele está mentalmente incapacitado e é cuidado de perto pelo irmão Ash, líder de uma gangue de crianças de rua. Certa noite, Ash encontra um homem ferido que lhe entrega um frasco com uma substância desconhecida e um endereço, sendo suas últimas palavras também “Banana Fish”, o garoto decide começar a investigar o caso por conta própria. Ao longo do caminho, Ash une forças com outras gangues com interesse em comum para encontrar a verdade por trás do intrigante caso. No entanto, ele logo terá de superar obstáculos nunca antes imaginados.