Os objetos que se encontravam no escritório de Mulder estão atualmente em exposição no Hollywood Entertainment Museum, em Los Angeles. O cartaz com a famosa frase "I Want to Believe" (Eu quero acreditar) tem que ser constantemente substituído, pois, de acordo com o museu, eles "desaparecem misteriosamente".
Dana Scully foi assim nomeada em homenagem a Vin Scully, um famoso narrador esportivo norte-americano. Fox Mulder recebeu este nome por causa da mãe do criador da série, Chris Carter.
O contrato de Gillian Anderson estabelecia que a atriz não poderia mais interpretar uma agente do FBI em nenhuma outra produção durante os anos em que a série estava em vigor. Isso fez com que ela perdesse o papel de Clarice Starling no filme Hannibal (2001), para Julianne Moore.
A história de "Arquivo X - O Filme" acontece entre o final da 5ª temporada e o início da 6ª. Já o segundo filme "Arquivo X - Eu Quero Acreditar" decorre após o final da última temporada.
Encerrada em 2002 com nove temporadas, The X-Files retorna em 2016 para uma temporada especial, com Mulder e Scully de volta, e novos personagens adicionados à trama.