Os agentes do FBI Fox Mulder (David Duchovny) e Dana Scully (Gillian Anderson) são o oposto um do outro: ele acredita em atividades paranormais, e ela não. Juntos, eles investigam estranhos casos que os levam a conspirações alienígenas envolvendo o governo, e chegam até a colocar suas carreiras em risco. Mas não importa o que quer que fique no caminho, eles vão até o fim para resolver os casos que chegam em suas mãos.