Scorpion acompanha Walter O'Brien (Elyes Gabel), um especialista em ciência da computação recrutado pelo agente Cabe Gallo (Robert Patrick) junto com outros prodígios da informática para participar de um projeto secreto do governo federal americano. O projeto Scorpion foi criado com a intenção de resolver complexos problemas de segurança nacional. Durante sua primeira missão, eles conhecem Paige (Katherine McPhee), uma garçonete cujo filho é uma criança superdotada.