Na terceira temporada, Fausto (Norton Nascimento) aparece na Academia Malhação se dizendo também um dono e querendo metade da Academia, o que causa uma grande confusão entre alunos e professores. Enquanto isso, Mocotó, enfim, arruma uma namorada e se mostra um cara mais maduro do que era antes. Surge um novo par romântico, um tanto conturbado, Vudu (Pedro Vasconcelos), um cara despojado, e Patrícia (Luana Piovani), uma menina cheia de frescuras. Juntos, eles passam por diversos encontros e desencontros. A temporada é mais profunda quando se trata de sexo do que as anteriores.