A segunda temporada começa no fim do verão na colônia de férias. Novos personagens entram para completar as histórias da Academia Malhação. A administração da academia sofre uma mudança, resultando em temas mais adultos, mas ainda mantendo as mesmas temáticas da temporada anterior. Novos ambientes chegam à academia, como um fliperama e uma sauna a vapor. Nessa temporada o casal Luiza (Fernanda Rodrigues) e Carlos Eduardo (Cláudio Heinrich) protagonizam um romance.