Mergulhada na filosofia budista, Joia Rara conta a história de um grande amor vivido por Franz (Bruno Gagliasso), um rapaz rico e materialista, e Amélia (Bianca Bin), uma moça pobre e desapegada, que, ainda que diferentes, se atraem. Essa paixão gera ódio em Manfred (Carmo Dalla Vecchia), meio irmão invejoso de Franz, e em Silvia (Nathalia Dill), moça que quer ver a família de Franz e Manfred, os Hauser, destruída. Da paixão de Franz e Amélia, nasce Pérola (Mel Maia), uma menina pura e preciosa que carrega em si uma grande missão. Pérola mostra aos pais o verdadeiro amor e consegue fazer seu avô, pai de Franz, Ernest (José de Abreu), um homem rude e preconceituoso, ter afeição por ela. Além disso, Pérola possui uma forte ligação com os monges, onde um dia seu pai esteve muito próximo. Anos atrás Franz participava de uma escalada no monte Everest quando aconteceu uma avalanche. Alguns monges o acharam e lhe deram acolho. No mosteiro, ele cria um laço com Ananda (Nelson Xavier), e os dois criam uma amizade grande e profunda. Pérola é a reencarnação de Ananda, e tem a missão de levar o amor aos outros.