Após estudar Cinema na Universidade Jorge Tadeo Lozano, em Bogotá, e na EICTV, em Cuba, Juan Zapata foi professor de Cinema em universidades da Colômbia entre 2002 e 2004. Vivendo no Brasil desde 2004, ele deu aulas de Fotografia e Roteiro na Universidade Luterana do Brasil (2007/08) e também de Produção Executiva e Distribuição Alternativa (2010).

Após dirigir os documentários Fidelidad (2004), A Dança da Vida (2007), Em Branco (2007) e Ato de Vida (2009), estreou como diretor de longa-metragens de ficção com Simone (2013).