Um dos maiores cineastas do país, Eduardo Coutinho se interessou por cinema ainda na década de 1950, quando era estudante de Direito.
Formado em direção no IDHEC, na França, participou ativamente do Centro Popular de Cultura (CPC) da União Nacional de Estudantes (UNE), onde aproximou-se de Carlos Diegues, Joaquim Pedro de Andrade e Leon Hirzman.
Em 1962, apoiado pelo CPC, começou a desenvolver Cabra Marcado Para Morrer, inicialmente pensado como uma reconstituição do assassinato do líder camponês João Pedro Teixeira. Com o golpe de 1964 as filmagens foram bruscamente interrompidas pelos militares e o trabalho seria retomado apenas em 1980. Finalmente lançado em 1984, o filme foi premiado no Festival de Berlim e é considerado um dos marcos do cinema brasileiro e a grande obra do diretor.
Sua carreira parecia seguir o caminho da ficção - O Homem que Comprou o Mundo (1968), Faustão (1971) -, mas em 1975 o cineasta passou a fazer parte da equipe do jornalístico Globo Repórter, da Rede Globo e cruzou o país registrando histórias em 16 mm. Nascia ali o documentarista Coutinho.
Após dez anos de televisão, abraçou de vez o cinema documental, inovando ao adotar o vídeo e não a película. Passou uns dias no Morro Santa Marta, na zona sul carioca - Santa Marta: Duas Semanas no Morro (1987) -, acompanhou a rotina dos catadores de um lixão em São Gonçalo - Boca de Lixo (1993) -, investigou diversas formas de fé - Santo Forte (1999) - e registrou os preparativos para o ano 2000 em uma favela - Babilônia 2000 (2000).
O cinema de Coutinho sempre foi caracterizado pela entrevista. E Edifício Master (2002), título mais popular de sua filmografia, não foge à regra. A equipe morou por um tempo no edifício, em Copacabana, e fez extensas entrevistas com as centenas de moradores, possibilitando que o diretor escolhesse os melhores personagens e só então entrasse em ação. O longa colecionou prêmios nos Festivais do Rio, São Paulo, Gramado e Havana.
O cineasta produziu intensamente durante a última década de sua vida. Voltou-se para a política em Peões (2004) - premiado no Festival de Brasília -, confundiu o público usando a encenação de um elenco misto de atrizes e não-atrizes em Jogo de Cena (2007), atacou a programação televisiva no pouco visto e pôlemico Um Dia na Vida (2010) e ouviu o canto sentimental de voluntários em As Canções (2011).
Em 2013 recebeu convite para fazer parte da Academia de Ciências e Artes Cinematográficas, foi homenageado com uma retrospectiva na Mostra de Cinema de São Paulo e experimentou a incomum posição de entrevistado em Eduardo Coutinho, 7 de Outubro (2013).
Eduardo Coutinho faleceu aos 80 anos, em casa, assassinado a facadas pelo próprio filho.