Após adquirir os direitos de adaptação do livro de George Jonas, Steven Spielberg encomendou três roteiros: um para David Webb Peoples e Janet Peoples, um para Charles Randolph e um para Eric Roth. Dos três o diretor preferiu o de Roth, que foi então revisado por Tony Kushner.
Ben Kingsley faria parte do elenco de Munique, mas teve que deixar o papel devido a conflitos de agenda. Em seu lugar foi contratado Geoffrey Rush.
Guri Weinberg interpreta o próprio pai em Munique. Moshe Weinberg era um lutador de luta livre israelense que foi morto no atentado ocorrido nas Olimpíadas de Munique.
Inicialmente era intenção de Steven Spielberg dirigir Munique para lançá-lo em 2003 ou 2004, mas adiou o projeto devido a possibilidade de trabalhar novamente com Tom Cruise em Guerra dos Mundos (2005)