Garota Por Um Dia se passa no século 18 e conta a história verdadeira e turbulenta de Anne Grandjean (Marie Toscan du Plantier), uma jovem indiciada por sua sexualidade. Nascida intersexo, Anne é confrontada com o preconceito da sociedade francesa da época. Após confessar para o pároco de seu vilarejo que sente atração por mulheres, o padre convence seu pai a trocar sua identidade, obrigando-a a se vestir como um homem para evitar um escândalo. Agora Jean-Baptiste Grandjean, o rapaz se vê com medo e percebe que sua permanência na vila parece insustentável. Já em outra cidade, Jean conhece Mathilde (Iris Bry) e se apaixona, os dois se casam e tentam viver uma longa e bela história de amor juntos. Até que as autoridades descobrem o relacionamento dos dois e a identidade de Jean-Baptiste/Anne. O passado de Jean-Baptiste/Anne volta à tona e o coloca de frente para um julgamento sob a acusação de profanar a santidade do casamento. Garota Por Um Dia traz o relato histórico de uma vida marcada pela intolerância, mas em busca de caminhos para ser feliz apesar do alvo colocado em suas costas.