Em O Convento, Grace (Jena Malone), uma jovem oftalmologista, é chamada para ir até um remoto convento na Escócia após o suposto suicídio de seu irmão, que era um padre. Desconfiando do relato da Igreja, Grace inicia uma investigação para tentar descobrir o que realmente aconteceu com a ajuda do padre Romero (Danny Huston), do Vaticano. Ao mesmo tempo em que ela explora o local, Grace se vê em meio a uma grande trama de assassinato e sacrilégio, sendo obrigada a encarar uma verdade perturbadora sobre seu próprio passado - que promete trazer à tona alguns traumas que ela acreditava estarem há muito tempo enterrados.