Em My Hero Academia - Missão mundial de heróis, dentro do universo do anime que se desenrola mostrando o dia a dia dos alunos de um curso de super-heróis, o filme foge da rotina acadêmica e nessa aventura, os heróis precisarão enfrentar terroristas. Quando uma organização sinistra ameaça eliminar todos os poderes dos humanos, o destino do mundo fica em jogo. Com apenas duas horas até o colapso da civilização, Deku, Bakugo e Todoroki são enviados em uma missão internacional que envolve heróis de todos os continentes. O objetivo é desmembrar a organização terrorista fanática que quer matar todas as pessoas que possuem poderes - cerca de 80% da população mundial - com uma bomba química, e o grupo precisa aprender a trabalhar em equipe, mas tem um problema: Deku é acusado de assassinato. Os três estudantes até aquele momento possuem tarefas específicas, mas isso muda quando Deku é acusado de matar 12 pessoas, precisando lutar enquanto foge.