Em Samurai X: O Final, acompanhamos a história de Kenshin Himura (Takeru Satoh), um espadachim lendário. Após a Restauração Meiji, ele parou de matar com a espada e tenta viver uma vida pacífica com Kaoru Kamiya (Emi Takei), que dirige uma escola de esgrima na vila. As coisas mudam quando o Restaurante Akabeko, que é o lugar favorito de Himura para comer, é destruído. No lugar, ele encontra uma mensagem assustadora escrita.