Baseado nos quadrinhos de Aaron Blabey, Os Caras Malvados segue um grupo de animais ladrões e suas travessuras. Sr. Lobo, Srta. Tarântula, Sr. Tubarão, Sr. Piranha e Sr. Cobra sempre foram vistos como maus, desajustados e que assustam todo mundo que os vê. Eles têm uma longa história criminal, roubando tudo o que eles querem e como eles querem. Em um de seus planos de assalto em um evento de gala, Sr. Lobo percebe que eles podem ser bons, ou melhor, que pessoas podem ver eles como bons animais. Sendo pegos pela polícia após um plano malsucedido, o grupo de ladrões decidem se passarem de bonzinhos para que a polícia não fique na cola deles e para não serem mandados para a prisão. Eles acabam aceitando a proposta do Professor Marmelada para ajudá-lo a recuperar porquinhos-da-índia que estão sendo usados para testes em uma empresa. Será que a farsa do grupo se manterá? Ou eles vão finalmente serem os bonzinhos da história?