Uma pandemia atinge todo o território dos Estados Unidos, matando diversas crianças, as que sobrevivem, o governo isola em campos de custódia. Acontece que as crianças que sobreviveram tem habilidades especiais, elas são divididas por cores, as verdes são super inteligentes, as amarelas manipulam a eletricidade, as azuis tem o poder de telecinesia, as vermelhas controlam o fogo, as laranjas manipulam o pensamento das pessoas. As vermelhas e laranjas são consideradas altamente perigosas, as que podem controlar o fogo são isoladas e só podem atuar em um momento de guerra, as laranjas são mortas imediatamente.
A protagonista, Ruby, é laranja, quando ela vai parar em um campo de custódia, consegue sobreviver durante anos fingindo ser do grupo verde, até que um dia ela é obrigada a fugir de lá para não ser morta, quem ajuda ela é a médica Cate. Ruby não confia em ninguém e acaba fugindo da médica também, ela encontra Zu (amarela), Liam (azul) e Bolota (verde).
Os quatro seguem para um campo onde crianças podem viver em paz, nenhum deles conhece de fato o lugar, só ouviram falar, além disso eles sabem que o líder do lugar é conhecido como "Fugitivo". Sem grandes dificuldade eles chegam ao lugar, que é de fato um local onde todos vivem em harmonia, o "Fugitivo" é Clancy Gray, filho do presidente dos EUA, esse personagem será o verdadeiro vilão da história.
Mentes Sombrias tem uma narrativa bem adolescente, com super poderes, dramas e romances, a história nos cativa e o filme, por ter um público alvo jovem, acaba fluindo de forma bem rápida e fácil de acompanhar, mesmo com tantos elementos envolvidos.
Por conta do público alvo também, o romance é um elemento bem presente e que guia vários momentos da narrativa, mas nas cenas em que precisamos de mais ação e drama, eles são bem trabalhados. Dentro de uma hora e 44 minutos a história foi bem trabalhada e não se tornou cansativo em nenhum momento.
O final não é exatamente o fim da história, como Mentes Sombrias vem do livro de mesmo nome, da escritora Alexandra Bracken, acredito que teremos pelo menos mais dois filmes, assim como são três livros: Mentes Sombrias, Never Frade e In The Afterlight, para finalizar a saga de Ruby, enquanto isso, ficamos com o primeiro filme e podemos ler os livros.