Cuíca de Santo Amaro começou as suas filmagens em abril de 2008, e continuou coletando material até janeiro de 2011. A maior parte do filme se situa em Salvador.
Para a realização do documentário, os diretores e produtores pesquisaram em diversos acervos sobre Cuíca de Santo Amaro, incluindo a Fundação Pierre Verger, Biblioteca Mário de Andrade, Instituto Lina Bo Bardi, Irdeb e Fundação Casa de Jorge Amado.