Os padres do Santuário de Aparecida ajudaram bastante a produção. De acordo com a produção, o Santuário e a Fundação foram verdadeiros estúdios de filmagem.
O produtor Paulo Thiago afirmou que anos atrás tinha pensado em fazer um filme do conto "A menina de lá" de Guimarães Rosa, sobre uma santinha do sertão. Segundo ele, a idéia morreu porque Nelson Pereira dos Santos usou a história no seu filme A Terceira Margem do Rio.
Thiago disse que quando surgiu a possibilidade de fazer Aparecida - O Milagre, preferiu não dirigir para evitar um exagerado envolvimento autoral.
A produtora Gláucia Camargos já anunciou uma sequência para 2017, quando serão comemorados os 300 anos de surgimento da imagem da Santa.