O roteiro de Inimigo Íntimo passou por pelo menos sete revisões antes de ser finalizado.
As filmagens de Inimigo Íntimo foram extremamente atribuladas, com vários rumores de que os atores protagonistas chegaram a brigar nos sets de filmagens, em decorrência da dúvida sobre qual deles deveria ser o foco central do roteiro. O próprio Brad Pitt chegou a considerar a possibilidade de abandonar os sets de filmagens, mas mudou de idéia sobre o assunto após conversar com seu advogado.
O diretor Alan J. Pakula e o ator Harrison Ford trabalharam juntos pela segunda vez em Inimigo Íntimo. Eles já haviam trabalhado juntos em Acima de Qualquer Suspeita.