Anand Tucker e Michael Hoffman estiveram cotados para assumirem a direção.
Guillermo del Toro foi convidado para dirigir o filme, mas recusou a proposta para rodar Hellboy 2 - O Exército Dourado (2008).
Este é o segundo filme da série Harry Potter que é dirigido por David Yates. O anterior foi Harry Potter e a Ordem da Fênix (2007) e os posteriores foram Harry Potter e as Relíquias da Morte - Parte 1 e Harry Potter e as Relíquias da Morte - Parte 2.
As filmagens ocorreram entre 24 de setembro de 2007 e 17 de maio de 2008.
Thomas James Longley fez testes para o personagem Tom Riddle.
Naomi Watts era a primeira opção para a personagem Narcisa Malfoy, mas não pôde aceitar o papel devido a conflitos de agenda.
Hero Fiennes-Tiffin é sobrinho de Ralph Fiennes. No filme eles interpretam o mesmo personagem, Tom Riddle, em idades diferentes.
Christian Coulson, intérprete de Tom Riddle em Harry Potter e a Câmara Secreta (2002), esteve cotado para reprisar o papel na versão adolescente do personagem. Ele foi descartado por ser considerado, aos 30 anos de idade, velho demais para o papel.
Helen McCrory foi escolhida para interpretar Bellatrix Lestrange em Harry Potter e a Ordem da Fênix (2007), mas teve que desistir da personagem por ter engravidado. Em Harry Potter e o Enigma do Príncipe ela interpreta Narcisa Malfoy, irmã de Bellatrix.
Jessie Cave foi selecionada entre 7 mil candidatas para a personagem Lilá Brown.
Robert Knox, intérprete de Marcos Belby, foi assassinado em frente a um bar em 24 de maio de 2008.
Devido a reflexos da greve de roteiristas em Hollywood o lançamento de Harry Potter e o Enigma do Príncipe foi adiado de 21 de novembro de 2008 para julho de 2009.
Foi a 3ª maior estreia nos cinemas brasileiros em 2009, com 978.505 espectadores.
Precedido por Harry Potter e a Pedra Filosofal (2001), Harry Potter e a Câmara Secreta (2002), Harry Potter e o Prisioneiro de Azkaban (2004), Harry Potter e o Cálice de Fogo (2005) e Harry Potter e a Ordem da Fênix (2007).
Seguido por Harry Potter e as Relíquias da Morte - Parte 1 (2010) e Harry Potter e as Relíquias da Morte - Parte 2 (2011).
Este é o sexto filme em que Julie Walters e Rupert Grint atuaram juntos. Os demais foram Harry Potter e a Pedra Filosofal (2001), Harry Potter e a Câmara Secreta (2002), Harry Potter e o Prisioneiro de Azkaban (2004), Lições de Vida(2006) e Harry Potter e a Ordem da Fênix (2007).
OSCAR
Indicação
2010
Melhor Fotografia
BAFTA
Indicação
2010
Melhor Direção de Arte
Melhores Efeitos Especiais