El Topo (Alejandro Jodorowsky), um pistoleiro que veste negro, inicia uma transformadora jornada pelo deserto. Lá ele desafia quatro mestres guerreiros, testemunha a violência brutal de um mundo sádico e cruel e se declara Deus. Topo é acompanhado pelo filho (Brontis Jodorowsky), que deve enterrar sua infância para tornar-se um homem.