Caixa de Sombras ocorre em um bairro marginalizado de Kolkata, mais especificamente na casa de uma pequena família de três integrantes. Sandur (Chandan Bisht) é um ex-oficial do exército, casado com Maya (Tillotama Shome) e pai de Debu, que desaparece e volta com suspeita de transtorno de estresse pós-traumático. Preocupados com o veterano da família, sua esposa e seu filho tem a vida transformada quando descobrem um possível envolvimento dele em um caso de assassinato.