O Grande Exército da República, liderado pelos Mestres Jedi Yoda, Mace Windu, Obi-Wan Kenobi e outros, deve lutar contra o Exército dos Separatistas, para defender a união democrática e a estabilidade política da galáxia. Nos campos de batalha, eles enfrentam o ardiloso Dooku, o vingativo General Grievous e a implacável Asajj Ventress. Nos bastidores, o Senador Palpatine manipula os eventos a seu favor.