Justin Lin será o diretor de Star Trek 3. O cineasta assume a vaga que ficou disponível depois que o produtor Roberto Orci, que faria sua estreia na direção no filme da franquia Jornada nas Estrelas, desistiu de comandar a sequência de Além da Escuridão - Star Trek. Rumores apontam que o motivo da saída de Orci foi um descontentamento da Paramount com o roteiro co-escrito por ele.
Para ganhar o cargo de diretor de Star Trek 3, Lin desbancou Edgar Wright (Scott Pilgrim Contra o Mundo) Rupert Wyatt (Planeta dos Macacos - A Origem), Morten Tyldum (O Jogo da Imitação), Daniel Espinosa (Protegendo o Inimigo), cineastas que estavam cotados para a vaga.
Os trabalhos mais notáveis de Lin no cinema foram os populares filmes Velozes e Furiosos 4, Velozes & Furiosos 5: Operação Rio e Velozes & Furiosos 6, dirigidos por ele. Ele também está escalado para dirigir dois episódios da segunda temporada de True Detective e a sequência de O Legado Bourne, estrelada por Jeremy Renner.
J.J. Abrams, que dirigiu Star Trek (2009) e Além da Escuridão - Star Trek (2013), será apenas os produtor do terceiro filme, já que agora seus esforços estão concentrados na direção de Star Wars: Episódio VII - O Despertar da Força.
Star Trek 3 estreia em 2016, ainda sem data específica.