Desde o começo do projeto, a ideia era que o Prometheus fosse um prelúdio (dividido em duas partes) da franquia Alien, inidicada em 1979, dirigida pelo mesmo Ridley Scott.
Scott e o estúdio 20th Century Fox começaram a discordar em relação ao elenco porque a empresa um astro de Hollywood protagonizando, enquanto o diretor preferia um equipeo multicultural.
Com os problemas surgidos durante a fase de pré produção, o cineasta preferiu optar por transformar o filme em algo independente, mas segundo ele continuará tendo "o DNA de Alien".
O diretor fez questão de manter a história do filme guardada em segredo, revelando aos poucos, através de teaser (pequenos trailers) algumas imagens e possíveis detalhes da produção.
As atrizes Angelina Jolie e Charlize Theron disputaram a personagem Meredith Vickers. No fim das contas, Charlize saiu-se vencedora e papou o papel.
Na fase de pré produção, vários nomes femininos surgiram nas notícias sobre o filme, comos os de Michelle Yeoh, Gemma Arteton, Anne Hathaway, Carey Mulligan, Olivia Wilde, Natalie Portman e Abbie Cornish.
Entre os atores, James Franco e Ben Foster tiveram seus nomes associados ao projeto em algum momento.
Ridley Scott rodou parte de seu filme nos estúdios Pinewood, no Albert R. Broccoli 007 Stage, na Inglaterra.
As cenas aquáticas foram rodadas na Espanha, na Cidade da Luz, em Alicante.
O elenco e equipe técnica também passou ppor várias locações na Islândia e na Escócia.
O longa deu origem à sequência Alien: Covenant (2017).